FFPEがん研究サンプルの構造変異を解析
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ホルマリン固定パラフィン包埋（FFPE）サンプル作成は、重要ながん研究サンプルを保存する簡易な方法として広く使用されています。がんでは構造 変異（SV）が重要な変異プロセスとなります。これは、長さ50 bp超のゲノム異常と定義され、遺伝子または染色体の全体に影響を及ぼすことがありま す。ホルマリン固定を実施するとDNA分子が損傷し、断片長が短くなってしまいますが、数キロベースの断片長が残ることもあります。従来のショート リードシークエンス技術を用いた場合、この長いシークエンスをさらに断片化する必要があるため、SVに関する重要な情報が失われ、SVの同定が不正 確または不完全なものとなります。
Oxford Nanopore社は、FFPEサンプルから数キロベースにわたるDNAを抽出し、 シークエンスに特化してワークフローを最適化し、SVの正確な検出と解析を実現し ました。ナノポアのロングリードによって、がんゲノム全体のSVを網羅的に解析でき ます。
Formalin-fixed, paraffin-embedded (FFPE) sampling is a widely used, simple method to preserve important cancer research samples. Structural variation (SV) is a key mutational process in cancer, defined as genomic alterations >50 bp in length, and can impact whole genes or chromosomes. Formalin fixing damages DNA molecules and reduces their fragment length; however, sequences spanning several kilobases still remain. Oxford Nanopore has optimised a workflow specifically designed to extract and sequence DNA spanning several kilobases from FFPE samples, enabling accurate SV detection and analysis. With long nanopore sequencing reads, SVs can be comprehensively characterised across cancer genomes.
Here, we present a simple workflow for the analysis of SVs in DNA extracted from FFPE samples using a PromethION™ Flow Cell.